В "Алхимикът" нещата се развиват в началото на миналия век, в свят, където алхимията е най-напредналата наука.
Историята разказва за двама братя - Едуард (Ед) и Алфонс (Ал) Елрик. Техният баща ги напуска още много малки, оставяйки ги с тяхната майка, която обаче по-късно се разболява много тежко и умира. След смъртта й, Ед и Ал решават да изучат принципите на алхимията и така да върнат живота на майка си. Но да върнеш човек от мъртвите е най-голямото табу в алхимията и престъпването му си има своите последици, и двамата научават това по трудния начин.
Сега, години по-късно, двамата братя обикалят света в търсенето на Философския камък, алхимичен артефакт, шансът им да възвърнат загубеното и да поправят грешките от миналото. По този начин двамата се потапят в приключение, изпълнено с тъга, смях и вълнения.